基础科学部分于2000年3月顺利搬迁至第二附属医院何善衡脑科中心，现在用于实验研究的场地达1500平方米。按专业分为神经形态学、分子生物学、神经生化、神经电生理、神经病理、细胞培养、高效液相、医学信息实验室等，装备有整套的先进仪器设备。

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基本设备：
Sanyo-30℃低温冰箱
Beckman低温离心机
SANYO-70℃低温冰箱
德国台式冷冻高速离心机
Virtis真空冷冻干燥机
高速浓缩机
医用超净工作台
二氧化碳检测器酶标仪
二氧化碳培养箱

物理化学分析仪器：
液体闪烁计数器
r-计数器
高效液相色谱仪
电子分析天平

显微镜系列：
Leica激光共聚焦显微镜
万能显微镜倒置显微镜
Motic体视显微镜
Olympus显微镜
日本生物显微镜

切片机系列：
振动切片机
恒低温切片机
冰冻切片机
石蜡切片机
病理切片机
美国震动切片机

分子生物学设备：
美国杂交仪
德国PCR仪(带原位槽)
PCR扩增仪
BIORAD 凝胶成像仪
BIORAD DOGE系统
电泳仪

电生理设备：
惊厥阈值自动测定仪
Patch Clamp System(HEKA)

其它：
酶联免疫吸附阅读机
变性高校液相色谱（DHPLC）
EPPEDORF纯水仪
立体定向仪
烟尘采样器